1、身份的区别
京东自营店，你的身份不是商家，是供货商，店铺是交由京东来管理和销售的。因为是你提供商品给京东售卖的，所以商品的价格相对是比较低廉，所以你只能以量取胜。
专营店的话，你就是商家，商品要自己找供货商提供，店铺的所有运营工作都由自己负责；商品的价格可以由自己决定，利润也会更多。
2、资源上的区别
因为自营店是京东负责管理的，所以肯定是会有更多的扶持的；像是一些促销活动和推广等官方资源，基本都是优先上，流量和销量也会更多。
专营店就要按照平台的要求，先做好优化，然后再去报名活动，之后等待审核，众多商家争取寥寥无几的资源位，能不能上还是个问题，这方面肯定是追不上自营店的。
3、发货及售后的区别
自营店是由京东自行配送发货，并负责提供售后服务的；若商品有质量问题，是不会找你麻烦的，都是由京东负责管理；专营店则是由商家自己找快递公司发货，并自行负责售后问题，京东只负责监督。
4、信誉方面的区别
因为自营店在买家看起来就是京东自己运营的，而京东这么大一个平台，肯定是能让买家产生更大的信任感；而专营店则要靠自己一点一点去积累店铺信誉，慢慢提升买家的信任感。所以两个相同的商品，自营店是更有优势的。